داستان آخرین قایق از جایی شروع می‌شود که صدای زنگ جزیره به شخصیت اصلی داستان، «جینی» یاد‌آوری می‌کند که قرار است نزدیک‌ترین دوستش، یعنی «دین» از جزیره برود. قایق دین را از جزیره می‌برد و «اس» را تحویل می‌دهد. جینی که به‌عنوان بزرگ‌ترین کودک جزیره وظیفه دارد راه و رسم زندگی کردن در آن را به اس یاد بدهد، پس از مدتی به او وابسته شده و کمکم تصمیم می‌گیرد قوانین جزیره را زیر پا بگذارد. او سنت‌شکنی کرده و با آخرین قایق از جزیره نمی‌رود، اما این کار باعث می‌شود آب‌وهوای جزیره عجیب‌وغریب شود و حیوانات آن نیز وحشی شوند. اتفاق تلخی که برای کوچک‌ترین کودک جزیره می‌افتد، جینی را مجاب می‌کند تا با آخرین قایق جزیره را ترک کند و به دنبال سرنوشت نامعلومش برود.